liftover

既に解析済みのbedやgif, positionデータはあるものの、現在自分が解析しているゲノムのバージョンとは異なる場合があるが、UCSCにあるliftoverでそろえる事が可能。

http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/で環境に合わせて
私の場合はlinux.x86_64/以下にあるliftoverをダウンロードchmod +x liftoverでlocal/binなどパスが通っている場所に置いておく。さらに、例えば、mm8からmm10に変換したい場合は、http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/mm8/liftOver/mm8ToMm10.over.chain.gzをダウンロードして解凍。適当に共有ディレクトリ等に置いておく。

#変換したいファイルがbedなら（chr1 1000099　1000200）
liftOver Oct4_mm8.bed mm8ToMm10.over.chain Oct4_mm10.bed unmapped.txt
Oct4_mm10.bed>>変換されたbed 
unmapped.txt>>変換できなかったもの
#変換したいファイルがpositionなら（chr1:1000100-1000200）
liftOver -positions Oct4_mm8.txt mm8ToMm10.over.chain Oct4_mm10.txt unmapped.txt
Oct4_mm10.txt>>変換されたposition
unmapped.txt>>変換できなかったのもの
liftOver_XXXXXX.bed>>変換前のbedファイル
liftOver_XXXXXX.bedmapped>>変換後のbedファイル

positionでもliftover出来て、そのbedを得られるのは便利

GEOのRAWデータをターミナルからダウンロード

あるアクセッション番号のRAWデータをダウンロードしたい時に、webのリンクからだと直接ダウンロードできないので、以下の様に自分のダウンロードしたい番号を入れる。親ディレクトリは下三桁をnnnとして、それより上の桁をダウンロードしたい番号と同じにする。
以下は例
wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE11nnn/GSE11431/suppl/GSE11431_RAW.tar