ChIPpeakAnnoのTSSデータを追加する

ChIPpeakAnnoはデフォルトでいくつかのTSSデータが入っている (R-version/library/ChIPpeakAnno/data)
今回はデフォルトにはない、酵母のTSSの情報を得るのが目的

既にbiomaRtがインストールされている前提で、R上で以下のコマンドを入力

mart1 = useMart(biomart="ensembl")
listDatasets(mart1)

とするとリストがでてくる。
13番目にscerevisiae_gene_ensemblがある。

sacCer3= useMart(biomart="ensembl", datset="scerevisiae_gene_ensembl")
TSS.scerevisiae.sacCer3 = getAnnotation(mart=sacCer3, featureType="TSS")

として、
ls()とすると

mart1
TSS.mouse.sacCer3
sacCer3

となるので

rm('mart1')
rm('sacCer3')

として、TSS.mouse.sacCer3のみの状態にしてから

save(list=ls(), file = "./TSS.scerevisiae.sacCer3.rda")

Rを終了させて、カレントディレクトリでlsするとTSS.scerevisiae.sacCer3.rdaがあるのでこれを

/PATH/TO/R-version/library/data/

以下にコピーすれば、デフォルトに入っているマウスやヒトのデータを扱うのと同じように扱えるようになる。