Trimmomatic

だいぶ慣れてきたので、インストールの仕方よりもツールの使い方をメインに記載するかな。 アダプタートリマーツールであり、クリーニングも出来るTrimmomatic (http://www.usadellab.org/cms/?page=trimmomatic) 使い方としては、デフォルトにadoptersにいくつか入っているが、適当に自作してよい。例えば、Truseq4-SE.faとして

>TruSeq_v1v2_Index12Adapter
GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACCTTGTAATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTG
TruSeq_v1v2_UniversalAdapter
AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT

というファイルを作って、以下のコマンドを叩く。

java -jar Trimmomatic-0.32/trimmomatic-0.32.jar SE \
-threads 8 -phred33 \
-trimlog ./DNseqE14.log.txt \
 ./DNseqE14.fastq \
 ./trimmomatic/DNseqE14.trim.fastq \
 ILLUMINACLIP:../../../../../local/Trimmomatic-0.32/adapters/TruSeq4-SE.fa:2:40:15 \
 LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:20

ILLUMINACLIP自体がアダプタートリム。その他はクオリティ値でトリム。 ペアエンドの時は少し書き方が異なるがhttp://www.usadellab.org/cms/?page=trimmomaticに参考例の記載がある。
このツールはシーケンスするフラグメントが非常に短い時にインサートを突き抜けてアダプターもシーケンスしてしまった時の除去に非常に有効なツール