fastaファイルの特定の位置をマスクする方法

bedtoolsの中のmaskFastaFromBedというツールを使う。 使い方は

maskFastaFromBed -fi [マスクかけたいfasta ファイル] -bed  [位置を指定した bedファイル] -fo [ 出力fa staファイル名] -mc N（Nでマスクする）

マスクかけたいfasta ファイルはmulti fastaでOK bedも複数行でOK 例として

test.fa
>chr1
TCTCATGCTAATCAGGATCTGGGGCACAGTACAAACCTCAAATGCTGTAGTTGAG
>chr2
GCTATTTCAGCCCTAGTGGAAGGGGGTGGGGCGGCACTAGGGCAGCAGCCCGTGCCCGCTGCACTTCCCTTATCGGATTACTGCTTAACTCCCACCCCCTCCTAGGTCCAAAAAGTATACTAATTACATGGA
>chr3
GCAGTACATTCCACAGCATCCTTAGGTGTTGCTCAGAGTCTACCTAACACCTAAGTACAAAAATGAAGCCCTAGGGCAGCCCTAAATGGTTTGTTTCCGCAAAATAGTGATCAACTCAAGTAAACAAGGGTT
>chr4
CATAAGACACATTGAAGACACCGCCACAGAACTTTACTGCCCTCAAGAGTCTTCTCTCATCTCTGGGATGCCTGTGAGGC

test.bed
chr1 5 10
chr2 10 20
chr2 21 23
chr5 10 20

maskFastaFromBed -fi test.fa -bed  test.bed -fo out.fa -mc N

out.fa
>chr1
TCTCANNNNNATCAGGATCTGGGGCACAGTACAAACCTCAAATGCTGTAGTTGAG
>chr2
GCTATTTCAGNNNNNNNNNNANNGGGTGGGGCGGCACTAGGGCAGCAGCCCGTGCCCGCTGCACTTCCCTTATCGGATTACTGCTTAACTCCCACCCCCTCCTAGGTCCAAAAAGTATACTAATTACATGGA
>chr3
GCAGTACATTCCACAGCATCCTTAGGTGTTGCTCAGAGTCTACCTAACACCTAAGTACAAAAATGAAGCCCTAGGGCAGCCCTAAATGGTTTGTTTCCGCAAAATAGTGATCAACTCAAGTAAACAAGGGTT
>chr4
CATAAGACACATTGAAGACACCGCCACAGAACTTTACTGCCCTCAAGAGTCTTCTCTCATCTCTGGGATGCCTGTGAGGC

となるはず。 bedは定義がstartの数字を含まないので5と書いてあれば6文字目を示しendは10と書いてあれば10文字目を示す事に注意する。