bedtoolsのインストール

リピート配列の部分を除去したほうがde novo motif searchをする時に繰り返し配列に含まれる配列があまり出てこなくなるらしい。
その為にbedtoolsのintersectBedというプログラムを使うと簡単に除去できるらしい
とりあえずダウンロードする。HPはここ
release can found hereと書かれてる右側のリンクへ移動する。

ターミナルを開いてsrcに移動しwget"と記述してbedtools-2.19.1.tar.gzのリンクをドラッグアンドドロップして"とする

cd src/
wget "https://github.com/arq5x/bedtools2/releases/download/v2.19.1/bedtools-2.19.1.tar.gz"

localに解凍する。.tar.gzなのでtar zxvfで解凍。-Cで解凍先を指定する。

tar zxvf bedtools-2.19.1.tar.gz -C ../local/

localのbedtools-2.19.1に移動してREADME.mdをみてもインストールに関する事が書いていない。のでここにあるマニュアルをダウンロードしてみるとinstallという項目がある。

make clean
make all

とすればよいらしい

make clean
* Cleaning-up BamTools API
* Cleaning up.

となって

make all
Building BEDTools:
=========================================================
DETECTED_VERSION = v2.19.1
CURRENT_VERSION  = v2.19.0-15-g733c84b
Updating version file.
 * Creating BamTools API
...以下１００行ぐらいコンパイルが続く

これが終わると、bedtools-2.19.1/bin以下に様々なプログラムがある事がわかる。 なのでパスを通す。

export PATH=/home/kosugi/local/bedtools2-2.19.1/bin/:$PATH

intersectBedと叩くと

intersectBed

Tool:    bedtools intersect (aka intersectBed)
Version: v2.19.1
Summary: Report overlaps between two feature files.

Usage:   bedtools intersect [OPTIONS] -a  -b 
以下オプションの説明

となったので問題なく使えそう。vimで.bashrcにパスを記述しておく。ファイルが開いたらiを押すと書き込める。以下を一番下に追記する。追記したらescキーを押して:wq

vim ~/.bashrc
##bedtools
export PATH=/home/kosugi/local/bedtools2-2.19.1/bin/:$PATH

再ログインして

echo $PATH
/home/kosugi/local/bedtools2-2.19.1/bin/:~その他のパス

となっているので問題なくつかえそうだ。