ディレクトリの作成（2014/04/04追記パスの通し方）

無事にサーバーに接続できたので、マッピングツールやらゲノムやらダウンロードしたい！
けどその前に、ssh接続してすぐのディレクトリにはなにがあるやろ？
確認。という事でls
[kosugi@~]$ ls

何も無いw（実は隠しファイルはある。-a で.付きのものが見える。）

ダウンロード用、作業フォルダのようなものを作っておこう。
mkdir src　　　　　ダウンロード
mkdir work 　　　　作業
とした。
[kosugi@~]$ ls 
src work
ディレクトリできた。

srcにツールやゲノムをとりあえずダウンロードしていこう。
<2014/04/03追記>
一般的にはlocalとするようなのでworkはlocal以下に作る。
binもlocal以下に作っておく。

[kosugi@~]$ ls
src  work
[kosugi@~]$ rmdir work
[kosugi@~]$ mkdir local
[kosugi@~]$ ls
local  src
[kosugi@]$ cd local
[kosugi@local]$ mkdir work
[kosugi@local]$ mkdir bin
[kosugi@local]$ ls
bin work

とりあえずこれでOK。
binにはパスも通しておく。パスについてはよくわからないけれどネットに色んな情報が書かれているのでそれを参考にする。パスを通した場所にプログラムを置いていないと自由にコマンドが使えない事だけは理解できた。さらに、サーバーで既通っているパスの上流にパスを通したい。普通はサーバーの/usr/local/binにパスが通っていて、そこにインストールされるかファイルをコピーする。今回は権限が与えられていないので自分のhomeディレクトリに作ったbinにパスを通しておく。

export PATH=/home/kosugi/local/bin:$PATH

とすれば通るはず。

echo $PATH
/home/kosugi/local/bin:/他の色んなパス/usr/local/bin:/bin:/usr/bin:/usr/local/sbin:/usr/sbin:/sbin

と言う事で通った。 ただこのままだと、ログオフしたら消える。

echo $PATH
/他の色んなパス/usr/local/bin:/bin:/usr/bin:/usr/local/sbin:/usr/sbin:/sbin

なので毎回打ち直す必要が有るが、そんなめんどくさい事していられないのでひとまず.bashrcに書き込むといいらしい。するとこのログインした時の初期化問題が解決する。書き込むにはvimというコマンドを使うようだ。（emacsというのもあるらしい。）書き込むにはi 保存終了はescキーを押して:wqと打ち込む

vim .bashrc
ファイルが開いたら書き込める。以下を適当な位置に追加する。
## 自分のlocal/binにパスを通す。
export PATH=/home/kosugi/local/bin:$PATH  :$PATHを後ろに持ってくると今まで書かれたパスの前に記述という事らしい。

と書いて終了。ログインし直しても

echo $PATH
/home/kosugi/local/bin:/他の色んなパス/usr/local/bin:/bin:/usr/bin:/usr/local/sbin:/usr/sbin:/sbin

先頭に/home/kosugi/local/binのパスが通っている。よかったよかった。