ChIP-seq解析に必要なダウンロードするもの

ChIP-seqの解析に使う代表的なツールとしてなにが必要かな・・・

論文を参考にすると

シーケンスの配列クオリティチェックツール
FastQC : http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/

マッピングツール

Bowtie 2 : http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml
SAM/BAMファイルの操作ツール
Samtools : http://samtools.sourceforge.net

ピークコールツール
MACS : http://liulab.dfci.harvard.edu/MACS/index.html
もちろんゲノムも必要。Bowtie 2のサイトの右下にリンクからおとす。
（indexが含まれているようなので色々都合が良いと思われる。）
それぞれ、ダウンロード-解凍-インストール-パスを通す等という順番でやっていく。
ツール関係で超絶参考になるサイトは以下のNGS Surfer's Wiki
NGS Surfer's Wikiのツール情報