Samtoolsのインストール

HPはここhttp://samtools.sourceforge.net

真ん中らへんにあるdownload pageをクリック

 tabixの上にあるsamtoolsをクリック

0.1.19をクリック

ターミナルを起動して、srcに移動する。 samtools-0.1.19.tar.bz2をターミナルにドラッグアンドドロップ。末尾に/downloadとついていたら消す。

cd src/
wget "http://sourceforge.net/projects/samtools/files/samtools/0.1.19/samtools-0.1.19.tar.bz2"
--2014-04-05 17:03:23--  http://sourceforge.net/projects/samtools/files/samtools/0.1.19/samtools-0.1.19.tar.bz2
sourceforge.net をDNSに問いあわせています... 216.34.181.60
sourceforge.net|216.34.181.60|:80 に接続しています... 接続しました。
HTTP による接続要求を送信しました、応答を待っています... 302 Found
場所: http://sourceforge.net/projects/samtools/files/samtools/0.1.19/samtools-0.1.19.tar.bz2/download [続く]
--2014-04-05 17:03:24--  http://sourceforge.net/projects/samtools/files/samtools/0.1.19/samtools-0.1.19.tar.bz2/download
sourceforge.net|216.34.181.60|:80 に接続しています... 接続しました。
HTTP による接続要求を送信しました、応答を待っています... 302 Found
場所: http://downloads.sourceforge.net/project/samtools/samtools/0.1.19/samtools-0.1.19.tar.bz2?r=&ts=1396685026&use_mirror=cznic [続く]
--2014-04-05 17:03:24--  http://downloads.sourceforge.net/project/samtools/samtools/0.1.19/samtools-0.1.19.tar.bz2?r=&ts=1396685026&use_mirror=cznic
downloads.sourceforge.net をDNSに問いあわせています... 216.34.181.59
downloads.sourceforge.net|216.34.181.59|:80 に接続しています... 接続しました。
HTTP による接続要求を送信しました、応答を待っています... 302 Found
場所: http://cznic.dl.sourceforge.net/project/samtools/samtools/0.1.19/samtools-0.1.19.tar.bz2 [続く]
--2014-04-05 17:03:25--  http://cznic.dl.sourceforge.net/project/samtools/samtools/0.1.19/samtools-0.1.19.tar.bz2
cznic.dl.sourceforge.net をDNSに問いあわせています... 217.31.202.30, 2001:1488:ffff::30
cznic.dl.sourceforge.net|217.31.202.30|:80 に接続しています... 接続しました。
HTTP による接続要求を送信しました、応答を待っています... 200 OK
長さ: 514507 (502K) [application/octet-stream]
`samtools-0.1.19.tar.bz2' に保存中

100%[======================================>] 514,507      108K/s 時間 4.6s

2014-04-05 17:03:30 (108 KB/s) - `samtools-0.1.19.tar.bz2' へ保存完了 [514507/514507]

次に解凍 .tar.bz2なのでtar jxvfで解凍。-Cで解凍先を指定する。

tar jxvf samtools-0.1.19.tar.bz2 -C ../local

解凍されたsamtools-0.1.19ディレクトリに移動。

cd ../local/samtools-0.1.19

lsで確認するといろんな種類のファイルが入っている。INSTALLファイルを見るとSAMtools depends on the zlib library . Version 1.2.3+ is preferred and with 1.2.3+ you can compile razip and use it to compress a FASTA file.とかなんとか書かれているのでよくわからんzlib libraryがサーバー内にインストールされてるか確認する。

rpm -qa | grep lib

RPMのパッケージについてインストールされているものを確認できるらしい・・・| grep libはその中でlibを含んでいるものを抽出という意味。

jzlib-1.0.7-7.5.el6.x86_64
zlib-devel-1.2.3-29.el6.x86_64
jzlib-javadoc-1.0.7-7.5.el6.x86_64
zlib-1.2.3-29.el6.x86_64
jzlib-demo-1.0.7-7.5.el6.x86_64
zlib-static-1.2.3-29.el6.x86_64
zlib-1.2.3-29.el6.i686

となるので要求のものはインストールされている模様。とりあえずINSTALLをみるとmakeってコマンド打てばいいみたい。

make

lsでみると、さらにファイルが増えていて、samtoolsという実行権限がついたファイルを確認できる。samtoolsは-hとしても意味わからんと怒られるので 単純にsamtoolsと叩く

samtools

Program: samtools (Tools for alignments in the SAM format)
Version: 0.1.19-44428cd

Usage:   samtools  [options]
以下オプションの説明

後はパスを指定する。

export PATH=/home/kosugi/local/samtools-0.1.19/:$PATH

としてディレクトリ移動してもコマンドが動く事を確認できた。 あとは.bashrcに記述。

vim .bashrc

ファイルが開いたらiを押すと書き込める。以下を一番下に追記する。追記したらescキーを押して:wq

##Samtools
export PATH=/home/kosugi/local/samtools-0.1.19/:$PATH :$PATHを後ろに持ってくると今まで書かれたパスの前に記述という事らしい。

念のため再ログインしてwhichでどのパスでプログラムが実行されている確認する。

which samtools
~/local/samtools-0.1.19/samtools

コンパイルが必要なパターンで初めてのmake・・・エラー起きなくてよかった。