Bowtie2に使うゲノムダウンロード

HPはここhttp://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml

右下にindexesっていうとこがある。

ここからhg19とmm10のダウンロードを行う。
インデックスがついたゲノムファイルを置いておくディレクトリを~/local/bowtie2-2.2.1につくる

cd ../local/bowtie2-2.2.1
mkdir indexes

早速ダウンロード H. sapiens, UCSC hg19をクリックするとPCにダウンロードされるので、ターミナルにリンク先をコピペする。ターミナルへのリンクのコピペはリンクをドラッグアンドドロップすればできる。
ターミナルを起動して、srcに移動してダウンロード。

cd src/
wget "ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/data/bowtie2_indexes/hg19.zip"

次に解凍。zipなのでunzipを使う。 localに解凍する -dで解凍先に../local/bowtie2-2.2.1を指定

unzip hg19.zip -d ../local/bowtie2-2.2.1/indexes/

mm10も同様に行う。

wget "ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/data/bowtie2_indexes/mm10.zip"

次に解凍。zipなのでunzipを使う。 localに解凍する -dで解凍先に../local/bowtie2-2.2.1を指定

unzip mm10.zip -d ../local/bowtie2-2.2.1/indexes/

一応indexesディレクトリがどうなったか確認すると以下のようになっている。

ls -1 ../local/bowtie2-2.2.1/indexes/
hg19.1.bt2
hg19.2.bt2
hg19.3.bt2
hg19.4.bt2
hg19.rev.1.bt2
hg19.rev.2.bt2
make_hg19.sh
make_mm10.sh
mm10.1.bt2
mm10.2.bt2
mm10.3.bt2
mm10.4.bt2
mm10.rev.1.bt2
mm10.rev.2.bt2

一つのゲノムファイルに付き６つの.bt2ファイルがある。.shファイルは何に使うか不明。ひとまずこれでOK。fasta形式のゲノムファイルのみが手元に有る場合は、bowtie2のbowtie-buildというコマンドでindexを作る事ができるらしい。そういう機会がでてきたらusageで使い方を確認して行ってみる