Rのインストール

解析をするにあたって、Rという統計解析ツールがあると便利そうなのでダウンロード、インストールを行う。root権限無しの画面無しの条件にインストールする情報がすくない状況だったので、やや試行錯誤した。
HPはここ。Source Code for all Platformsの最新版である、 R-3.1.0.tar.gzをダウンロードする。

ターミナルを開いてsrcに移動し、wget "と記述し、R-3.1.0.tar.gzをドラッグアンドドロップしたら"と記述する。

cd src/
wget "http://cran.ism.ac.jp/src/base/R-3/R-3.1.0.tar.gz"

次に解凍。.tar.gzなのでtar zxvfで解凍。-Cで解凍先にlocalを指定する。

tar zxvf R-3.1.0.tar.gz -C ../local/

localのR-3.1.0に移動してREADMEやINSTALL、doc/manual/R-admin.texiをみてもなんかいまいちわからない。なのでここを参照する。

2.4 Instrationをみると、root権限が無い状況で/usr/local/bin/にインストールできない時には、prefixが使える。./configure optionの項目を見ると、計算機を使うような画面無しの条件だと--with-x=noオプションを追加して./configureをすればいいらしい。

./configure --prefix=/home/kosugi/local --with-x=no

makeする。

make

makeに結構時間かかる。５分くらい。そのご以下のコマンドを叩く。

make check
make install

これが終わると、R-3.1.0/bin以下に様々なプログラムがある事がわかる。 なのでパスを通す。

export PATH=/home/kosugi/local/R-3.1.0/bin/:$PATH

R -hと叩くと

R -h

Usage: R [options] [< infile] [> outfile]
   or: R CMD command [arguments]

Start R, a system for statistical computation and graphics, with the
specified options, or invoke an R tool via the 'R CMD' interface.

Options:
以下オプションの説明

となったので問題なく使えそう。vimで.bashrcにパスを記述しておく。ファイルが開いたらiを押すと書き込める。以下を一番下に追記する。追記したらescキーを押して:wq

vim ~/.bashrc
##R
export PATH=/home/kosugi/local/R-3.1.0/bin/:$PATH

再ログインして

echo $PATH
/home/kosugi/local/R-3.1.0/bin/:~その他のパス

となる。R -hとコマンドを叩くと先ほどと同様にusageがでるのでこれでRが使えるようになったぽい。他のツールと同様でprefixでどうにかなるが、画面無しのオプション--with-x=noこれをつける事がエラーを出さないポイントか・・・。 ただ全然使い方わからない。統合TVで検索したらR+Bioconductorを使ったNGS解析1やR+Bioconductorを使ったNGS解析2というものが動画でUPされていてここで紹介されている二階堂さんのLearning Rのページが非常に参考になる。まずはこれを参考にしてRというツールを使う事に慣れて、ChIP-seqのピーク検出後の高次解析を行えるようにする。