SRA Toolkitのインストール

NCBIにupされているシーケンスデータは.sraフォーマットであり.fastqフォーマットに変換する必要があるらしい。なのでそれに必要なツールをダウンロード、インストールする。
HPはここhttp://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software

環境に合わせてCentOS Linux 64 bit architectureをダウンロードする。
ターミナルを開いてsrcに移動してドラッグアンドドロップ

cd src/
wget "http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.3.5/sratoolkit.2.3.5-centos_linux64.tar.gz"
--2014-04-06 17:13:46--  http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.3.5/sratoolkit.2.3.5-centos_linux64.tar.gz
ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov をDNSに問いあわせています... 130.14.250.13, 2607:f220:41e:250::12
ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov|130.14.250.13|:80 に接続しています... 接続しました。
HTTP による接続要求を送信しました、応答を待っています... 200 OK
長さ: 64933999 (62M) [application/x-gzip]
`sratoolkit.2.3.5-centos_linux64.tar.gz' に保存中

100%[=================================================>] 64,933,999  3.74M/s 時間 17s

2014-04-06 17:14:06 (3.56 MB/s) - `sratoolkit.2.3.5-centos_linux64.tar.gz' へ保存完了 [64933999/64933999]

次に解凍 .tar.gzなのでtar zxvfで解凍。-Cで解凍先を指定する。

tar zxvf sratoolkit.2.3.5-centos_linux64.tar.gz -C ../local/

解凍されたsratoolkit.2.3.5-centos_linux64ディレクトリのbin以下に実行ファイルが入っている。その中のfastq-dumpが目的の実行ファイル。あとは/home/kosugi/local/sratoolkit.2.3.5-centos_linux64/binにパスを通す。

export PATH=/home/kosugi/local/sratoolkit.2.3.5-centos_linux64/bin/:$PATH

ほんで、home ディレクトリに戻ってfastq-dumpでうまくいくか確認

fastq-dump
Usage:
  fastq-dump [options]  [...]
  fastq-dump [options] 

Use option --help for more information

fastq-dump : 2.3.5

あとは同じ事を./bashrcに記述して再ログインしてもホームディレクトリで実行できるか確認する。

vim .bashrc

ファイルが開いたらiを押すと書き込める。以下を一番下に追記する。追記したらescキーを押して:wq

## sratoolkit
export PATH=/home/kosugi/local/sratoolkit.2.3.5-centos_linux64/bin/:$PATH  :$PATHを後ろに持ってくると今まで書かれたパスの前に記述という事らしい。

念のため再ログインしてwhichでどのパスでプログラムが実行されている確認する。

which fastq-dump
~/local/sratoolkit.2.3.5-centos_linux64/bin/fastq-dump

これでSRAからダウンロードしたファイルをfastqファイルに変換できる。